El Colegio Médico del Perú fue creado por Ley 15173 promulgada el 16 de octubre de 1964 por el Congreso de la República que en aquel entonces tenía como presidente al Doctor Ramiro Prialé Prialé, frente a la omisión constitucional del Presidente de la República Don Fernando Belaunde Terry. Empero pocos conocen que el origen de la orden médica no se encuentra en dicha norma legal que decide crearla como persona jurídica autónoma de derecho público interno, sino que además a nivel legislativo, dicha Ley, tuvo como antecedente el Decreto Ley Nº 14604 promulgada por la Junta Militar de Gobierno presidida por el General de División Nicolás Lindley López.

En efecto, la primera expresión imperativa del Estado destinada a crear una orden profesional que agrupe a los médicos del País, se materializó a través de la promulgación de la Ley 14604, la misma que al ser promulgada a escasos días del cambio de Gobierno por el del Arquitecto Fernando Belaúnde Terry, quedo derogada por desuso, o mas bien porque el Poder Ejecutivo no ejecutó acción alguna para hacerla efectiva y, por el contrario, se buscó concretar el proyecto de ley sobre la creación del Colegio Médico del Perú que había quedado pendiente de revisión por la Cámara de Senadores del Congreso de la República durante el primer periodo de Gobierno del Arquitecto Belaúnde Ferry, antes del Golpe de Estado de Ricardo Pérez Godoy; proyecto que se concretó en la vigente Ley de Creación, Ley 15173.
Los antecedentes y origen del Colegio Médico del Perú, más que la expresión imperativa del Estado, a partir de la promulgación de la Ley 15173 y su modificatoria 17239 se constituye en el resultado de varios años de lucha destinados a crear una Institución que vele y oriente el alto espíritu, principios y valores de la profesión médica y que ejerza el control ético deontológico del ejercicio de la profesión.
Sin embargo este anhelo logrado con la promulgación de la Ley 15173, no llega a concretarse en la realidad sino hasta que la “Comisión Redactora del Estatuto y Reglamento del Colegio Médico del Perú concluye su labor y así el primer Estatuto y Reglamento del Colegio Médico del Perú se aprueba el 1 de julio de 1969 por Decreto Supremo Nº 00101-69-SA y Decreto Supremo Nº 00102-69-SA respectivamente. La acogida de los médicos del País fue inmediata, así se logró una inscripción de 4,972 médicos en todo el País y se procedió a la primera elección de autoridades, asumiendo el cargo de Decano del Consejo Nacional del Colegio Médico del Perú el Dr. Jorge De La Flor Valle.
La primera sesión ordinaria del Consejo Nacional del Colegio Médico Perú se realizó el 18 de noviembre de 1969 en el local de la Asociación Médica “Daniel Alcides Carrión” instalándose e iniciando así la vida institucional de la Orden médica que se ha desarrollando en el ámbito ético y deontológico, de la defensa de la salud pública e individual y cultivando la doctrina que alimenta los principios y valores de la profesión médica, todo ello de manera autónoma.
Actualmente el Colegio Médico del Perú se encuentra a la vanguardia como ente rector de la doctrina, y de la ética y deontología de la profesión médica, del fortalecimiento de la profesión y presencia nacional e internacional, participando en la Asociación Médica Mundial, en la Confederación Médica Latinoamericana y otras instituciones profesionales.